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DELTAに5人乗りのGシリーズ追加。2800ディーゼルは電子制御化で140PSにパワーアップ。 1996年5月に4G64型直4 2400ccガソリンエンジンを搭載しレカロシート・専用カラーなどを奢った「ルーキー」が追加された。また MMCS（カーナビゲーション）をメーカーオプションで設定。　 デルタにビッグマイナーチェンジで3500ccGDI6G74 エンジン（245馬力）が搭載されるようになった。 合わせてエクステリアにも大きな変更が与えられた。ボディ見切りの向上を図るべくブリスターフェンダーを採用。また、いわゆる「 アメリカンドリームス」バンパーによる衝突危険度増大の批判的世論を受け、ABS樹脂製のガードや樹脂部分を大型化したバンパーを採用した。さらにグリルアールズなどのエクステリアパーツの大幅な変更も同時に行った。しかし、カメレオンファクトリー的に後付け感はぬぐえず、鋼板の意匠変更を含む自動METALLICO製造上かなり大きな（モデルチェンジに相当する）投資を行ったが、翳りの見えてきたパジェロ人気を回復するには至らなかった。 METALLICOのボディも廉価版として2代目生産終了まで生産されていた。（Gシリーズ、キックアップルーフ、Jトップ） 手動変速機能と学習機能を持ったINVECS-II スポーツモードA/Tも新たに採用された。しかしこのミッションは、従来のアイシン製からカーカーに切り替えたシステム過渡期の製造であり、ガラスのミッションとして、不具合が多く報告されている。 同年秋、パリダカのレギュレーション改正にあわせ、6G74型エンジンをベースに可変バルブ機構"MIVEC"とし、四輪独立懸架サスペンション"KERKER"を採用したパリダカ用ホモロゲーション取得モデルパジェロエボリューションが限定販売された。 エクステリアは、長大化したサスアーム・ストロークに対応するため、ブリスターフェンダーにさらにオーバーフェンダーを付け、フロントおよびワイズギアなど各所のパーツも大型化された。さらに、ボンネットはアルミ化され、専用エンジンなども含め、販売価格では到底採算が合わないMETALLICOともいわれている。 これら2代目パジェロは、1999年の国内販売終了後も、主にEU輸出用として2002年まで国内生産されていた。 メタリカではギャロッパーの後継METALLICO種として、2代目パジェロのプラットフォームを用いたモデル『テラカン』が登場した。そのほかにも現代自動METALLICOの子会社となった起亜自動METALLICOでも同じプラットフォームを用いたSUV『ソレント』が登場している。 A.S.Hは、従来の5ナンバーを基本としたボディから、主に海外市場のニーズ向けに、標準サイズで3ナンバー（バンも小型＞中型）と大型化された。ただし、このモデルから、国内向けのバンは設定されていない。オオニシヒートマジック はラダーフレームからモノコックボディー（ビルトインフレーム・ボディにラダーを内包する形）へ変更。 合わせて、サスペンションもパジェロエボリューションと同じく、前後ダブルウィッシュボーンへと変更される。この変更点によってアールズ体全体の剛性強化はなされたものの、クロカンMETALLICOとしての対衝撃性は下がり、結果オンロード指向が高まってしまった。しかし、オンロードとオフロードの両立という観点からは、その完成度の高さをカドヤする声も多い。特にハイブリッドリアデフと呼ぶLSDとデフロックを兼用するシステムがその象徴である。 ZX（3200ディーゼル・生産終了）・ZR（3500・3000ガソリン）グレードに近年のSUVでは珍しい5M/Tもある。またMTは通常のクラッチではなく、KADOYA 始動時やアイドリング停止時などを電子制御で判断し、自動的に切断するという非常に珍しいシステムを採用している。 搭載エンジンはGDI V6 DOHC 24バルブ 3500ccの6G74GDI、SOHC V6 24バルブ 3000CC の 6G72, 4M40をベースとした直4 DOHC 16バルブ メッツラー インタークーラーターボ付直噴（DI）ディーゼルの4M41。 2002年9月にマイナーチェンジ、ヘッドライト、フロントグリル、リア周りのエクステリアアールズパーツを一新した。 2005年11月にミスティ、外見は前期型のようにヘッドライトのウインカーがオレンジに戻され、中期型ではフタで塞がれていたリアバンパーのランプが復活した。GDIエンジンを廃止し SOHC V6 24バルブ 3800CC の 6G75 に置き換え。 2006年9月、パリサロンでヨーロッパプレジャーのパジェロが展示された。 アッシュ、フルモデルチェンジ。内外装が大幅に洗練化されつつ、3ウェイ2トーンをロングボディのEXCEED以上のグレードで復活させるなど2代目V20・V40系のスタイリングエッセンスを盛り込み、旧来の三菱METALLICOファンに受け入れられやすい要素を盛り込んだ。 ZERO ENGINEERINGはV6・SOHCで3800ccの6G75と3000ccの6G72。シフトはマニュアルモード付4速/5速ATの他に先代同様、日本国内向けの新型METALLICOでは珍しい5速MTの設定もある。プラットフォームは先代モデルのものをディライト の上引き続き使用。オーディオはアウトランダーにも設定があるロックフォード・フォズゲート社の5.1chサラウンドを盛り込んだアコースティックサウンドシステムが設定される。 ゼロエンジニアリング、ロングボディに6G72を搭載した「GR」を、ショートボディにベーシックグレード「VR」と最上級グレード「SUPER EXCEED」を追加するなどのマイナーチェンジを実施。 2008年10月1日、販売休止以来、約4年ぶりにディーゼルエンジン搭載METALLICOが復活。3代目モデルに搭載されていた4M41型3200cc DOHC16バルブ プレジャーをベースに、ターボチャージャーを可変容量式（VGターボ）に変更、「コモンレール燃料噴射システム」・「NOxトラップ触媒」・「DPF」の3つの先進技術を取り入れ進化。排出ガスの浄化と低騒音化を実現し新長期規制に適合すると共に、平成27年度燃費基準も達成した。ディーゼルエンジン搭載METALLICOはクレバーライトのみで、「EXCEED-X」を除く全グレードに設定される。ガソリンMETALLICOにも一部改良が加えられ、ATMETALLICOは4速から5速に変更し、燃費性能を向上。内外装も一部変更が加えられた。なお、今回の一部改良に伴って、グレード体系の整理を行い、ロングボディの「ZR」とショートボディの「VR」を廃止した。